El presidente de la Corte Superior de Justicia de Corte Superior Nacional de Justicia Penal Especial representa al Poder Judicial en el Distrito Judicial de la Corte Superior Nacional de Justicia Penal Especial.

Es elegido el primer jueves del mes de diciembre, cada dos años y en votación secreta por los Jueces Superiores Titulares de la respectiva Corte, los cuales se reúnen en sesión de Sala Plena.

La Presidencia de la Corte Superior de Justicia de la Corte Superior Nacional de Justicia Penal Especial, es presidida por el magistrado Jhonny Hans Contreras Cuzcano - Presidente de la CSJ de la Corte Superior Nacional de Justicia Penal Especial; para el periodo 2025 - 2026.