Es el órgano de asesoría, encargada de planear, organizar, dirigir, coordinar, ejecutar y supervisar las actividades relacionadas con la implementación de metodologías de trabajo, capacitación e investigación para la atención del adolescente en conflicto con la Ley Penal. Establece las normas, procesos y procedimientos de carácter educativo en los Centros Juveniles a nivel nacional.

Subgerencia de Coordinación Administrativa

Son los órganos desconcentrados de la Gerencia de Centros Juveniles, encargados de atender y conducir de manera integral el proceso de rehabilitación del adolescente en conflicto con la Ley Penal, con la aplicación de técnicas socioeducativas, formativas y tratamiento diferenciado. Actualmente el Poder Judicial cuenta con nueve Centros Juveniles de Diagnóstico y Rehabilitación (Medio Cerrado) los cuales se encargan de albergar a los adolescentes infractores, a quienes la autoridad judicial le ha impuesto la medida socioeducativa de internación y con siete Centros Juveniles de Servicio de Orientación al Adolescente (Medio Abierto), para adolescentes con medidas socioeducativas no privativas de la libertad.